После записи и распространения «Невидимки» «Наутилус» начал работать над новой программой, названной «360 градусов обстрела». Для этой сессии были отрепетированы часть будущих композиций «Разлуки» и несколько других песен. Альбом «360 градусов обстрела» хоть и был записан, но распространения не получил, так как участникам не понравилась работа над альбомом. В результате чего часть песен была перезаписана для альбома «Разлука». Представление о забракованном альбоме «Наутилуса» дают только три песни — «Взгляд с экрана», включённая в саундтрек к фильму «Раньше было другое время», «360 градусов обстрела» и «Я горю как порох», которые так и остались внеальбомными композициями.

Запись альбома производилась в подвале архитектурного института, в котором на тот момент обучались участники группы.
Альбом Разлука делался совершенно разгильдяйским образом, в достойной и лёгкой форме. Было весело, потому что отсутствовал какой-либо намёк на рок-индустрию. Со стороны это напоминало кружок по интересам, как нечто, сопутствующее общению. Как товарищеский чай в секции «Умелые руки».

Тексты почти всех песен были написаны Ильёй Кормильцевым:
Илья писал нам по три тома материала и бился насмерть за каждую страницу. Из этого богатства можно было выбрать три-четыре текста, и то с последующими доработками. После того как закончилась рефлексия у Бутусова, началась рефлексия у Кормильцева, который считал, что мы всё делаем не так. Он приходил в подвал и начинал разбивать ногами стулья… Успокоить его было очень сложно. Звукорежиссёр Андрей Макаров бледнел прямо на глазах, поскольку нёс за стулья материальную ответственность.

Помимо написания стихов Кормильцев принимал участие непосредственно в процессе записи, причём между ним и Бутусовым часто возникали конфликты из-за того, что вокалист отказывался петь некоторые из сочинённых поэтом строк. Например, в «Скованных одной цепью» первоначальная строка «за красным восходом коричневый закат» была заменена музыкантами на «за красным восходом розовый закат». Во «Взгляде с экрана» Бутусов не хотел петь словосочетание «тройной одеколон», в «Рвать ткань» — «дети приводят б…й». На этой почве Кормильцев часто устраивал скандалы, упрямо отстаивал каждое слово своих текстов. «Илья в тот момент вообще в таком состоянии находился, так сказать, в очень взбудораженном, — вспоминал Бутусов. — Всё, что происходило в студии, его либо устраивало, либо не устраивало. То есть вот так — очень категорично». В августе 1986 года запись была завершена:
То, что в подвале архитектурного института получается нечто эпохальное, мы поняли лишь в конце записи, когда сели прослушивать альбом. Откровенно говоря, до Разлуки никто к «Наутилусу» серьёзно не относился и почти никто в них не верил. Многие мыслили тогда более глобальными категориями, включая меня самого.

В течение года альбом «Разлука» распространялся в двух вариантах — в Москве, Ленинграде и других крупных городах он распространялся в полном объёме, в Свердловске и области широкое хождение имел урезанный вариант — без песен «Хлоп-хлоп» и «Скованные одной цепью». Причина распространения альбома была простой — эти две композиции некоторое время не были «залитованы».

Популярность альбома
Именно этот альбом принёс группе «Наутилус Помпилиус» всесоюзную известность. Изданные на нём песни были «на слуху» даже у многих людей, довольно индифферентно относящихся к рок-музыке. Наряду с песнями о любви и «городском одиночестве» («Разлука», «Эта музыка будет вечной», «Казанова»), на альбоме есть песни, затрагивающие социальные проблемы жизни советских людей времён перестройки («Взгляд с экрана», «Хлоп-хлоп», «Наша семья»), антивоенный, антимилитаристский памфлет «Шар цвета хаки» и, наконец, сильный, всеобъемлющий политический памфлет «Скованные одной цепью», который журналом Time Out помещён в список «100 песен, изменивших нашу жизнь». Последняя песня содержит жёсткую критику многих реалий советского строя, всей жизни в СССР.

Как сказал в интервью Дмитрий Умецкий,
Мы «застраивали» альбом «Разлука», руководствуясь примерно одними и теми же принципами: чтобы было удобно всем. Каждый человек, вне зависимости от его социального положения и степени развития интеллекта, должен был найти в «Разлуке» песни для себя и про себя.
— Время Z — журнал для интеллектуальной элиты общества
На открытии очередного сезона свердловского рок-клуба… «Наутилус» впервые выступил в жёстком имидже — врангелевская унтер-офицерская форма, ордена, боевой макияж и галифе. После того, как весёлая в недалёком прошлом студенческая команда агрессивно исполнила акапелла песню «Разлука», над залом зависла жуть и наступило неподдающееся описанию оцепенение. Возможно, именно с этой минуты и началось всесоюзное восхождение группы «Наутилус Помпилиус».